長非編碼RNA（lncRNA）是長達兩百個核苷酸以上的轉(zhuǎn)錄本。雖然lncRNA沒有編碼任何蛋白質(zhì)，但它們在不同組織和發(fā)育階段的表達依然具有特異性，這說明lncRNA具有重要的生物學意義。細胞中絕大多數(shù)lncRNA位于細胞核，它們對應(yīng)的DNA區(qū)域有的與蛋白編碼基因重疊，有的位于基因間或者內(nèi)含子中。在測序技術(shù)的幫助下，人們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了數(shù)千種lncRNA，但這些lncRNA的生物學功能依然還是個謎。

眾所周知，要了解一個分子的功能，可以去找它的搭檔。2011年，斯坦福大學的Howard Chang教授開發(fā)了ChIRP技術(shù)（chromatin isolation by RNA purification），該技術(shù)可以在全基因組范圍內(nèi)鑒定RNA與染色質(zhì)的互作，被不同領(lǐng)域的研究者們廣泛采用。

只有在結(jié)構(gòu)域的水平上進行研究，才能夠深入理解lncRNA的功能。問題是人們一直沒有找到合適的方法。

最近，Chang和同事對ChIRP進行了改造，發(fā)布了稱為dChIRP（domain-specific ChIRP）的新技術(shù)。據(jù)介紹，該技術(shù)可以在天然環(huán)境下剖析lncRNA不同結(jié)構(gòu)域的功能。相關(guān)論文發(fā)表在近期的Nature Biotechnology雜志上。

研究人員首先設(shè)計了生物素化的反義寡核苷酸池，來靶標lncRNA的特定結(jié)構(gòu)域。隨后，他們通過交聯(lián)保護了細胞中的lncRNA互作，并利用超聲處理可lncRNA片段化，形成結(jié)構(gòu)域大小的片段。

研究人員將生物素化的寡核苷酸添加到不同的染色質(zhì)樣本中，使它們發(fā)生雜交。最后通過鏈霉親和素磁珠，將lncRNA結(jié)構(gòu)域連同它的互作搭檔一起純化出來。對這些純化產(chǎn)物進行分析（WB、逆轉(zhuǎn)錄定量PCR、定量PCR或者測序），就可以鑒定RNA-蛋白、RNA-RNA和RNA-染色質(zhì)的互作。

研究團隊使用dChIRP技術(shù)研究了一種稱為roX1的lncRNA，這是雄性果蠅劑量補償效應(yīng)所需的lncRNA。雄性果蠅只有一個X染色體，其上的基因會出現(xiàn)加倍表達，這種現(xiàn)象就稱為劑量補償效應(yīng)。這項研究揭示了roX1功能域的組成結(jié)構(gòu)，向人們展示了由三個不同結(jié)構(gòu)域組成的三指手掌結(jié)構(gòu)。其中的三個指狀結(jié)構(gòu)域負責與染色質(zhì)互作，是功能獨立的RNA亞單位。

dChIRP無疑將成為研究lncRNA功能的又一個實用工具。